L’Institut d’Estudis Catalans s’estructura en seccions creades pel Ple i cadascuna és formada per un màxim de vint-i-vuit membres numeraris, pels membres emèrits i pels presidents de les societats filials adscrites a la secció.
A més cada secció té membres corresponents, en un màxim de trenta.
Cada Secció és regida per un consell elegit pels seus membres.
Consell de Govern de la Secció Històrico-Arqueològica
Consell de Govern dela Secció de Ciències Biològiques
Consell de Govern de la Secció de Ciències i Tecnologia
Consell de Govern de la Secció Filològica
Consell de Govern de la Secció de Filosofia i Ciències Socials
Comissions de l’IEC nomenades per la Presidència
Comissió de publicacions (creada l’11 de novembre de 2003)
- President de la comissió: Marta Prevosti i Monclús
- SHA: Ramon Pinyol i Torrents
- SECCB: Maria Teresa Estrach i Panella
- SECCT:Jaume Miranda i Canals
- SF: Josep Gifreu i Pinsach
- SFCS: Josepa Cucó i Giner
- Representant de les Societats filials de ciències: Montserrat Corominas i Guiu
- Representant de les Societats filials d’humanitats: Sergi Cortiñas Rovira
- Gerent de l’IEC: Eulàlia Espinàs i Riera
- Cap del Servei Editorial de l’IEC: Montserrat Torras i Conangla
Consell Supervisor de la Xarxa CRUSCAT
- Presidenta del CS: Marta Prevosti i Monclús, vicepresidenta de l’IEC
- Presidenta de la SF: Ramon Sistac i Vicén
- Membre de la SF: Joaquim Torres i Pla
- Membre de la SHA: Tomàs Martínez Romero
- Membre de la SECCB: Lluís Garcia i Sevilla
- Membre de la SECCT: Salvador Alegret i Sanromà
- Membre de la SFCS: Joaquim Arnau Querol
- Secretari del Consell: Ramon Bartrons i Bach, secretari científic de l’IEC
Comissió d’Investigació (creada el 30 de juny de 1994)
- Presidenta de la Comissió: Teresa Cabré i Castellví, presidenta de l’IEC
- SHA: Flocel Sabaté i Curull
- SECCB: Jaume Bertranpetit i Busquets
- SECCT: Miquel Canals i Artigas
- SF: Joan A. Argenter i Giralt
- SFCS: Andreu Domingo Valls
- Secretari de la Comissió: Ramon Bartrons i Bach, secretari científic de l’IEC
Delegats del President
- Delegat a Castelló: Vicent Pitarch i Almela
- Delegat a Perpinyà: Martina Camiade Boyer
- Delegat a Lleida: Ramon Sistac i Vicén
- Delegat a Alacant: Vicent Martines Peres
- Delegat per a les activitats de València: Juli Peretó i Magraner
- Delegat per a les activitats de les Illes Balears: Damià Pons i Pons
- Delegat a l’Alguer: Antoni Torre