L’Institut d’Estudis Catalans s’estructura en seccions creades pel Ple i cadascuna és formada per un màxim de vint-i-vuit membres numeraris, pels membres emèrits i pels presidents de les societats filials adscrites a la secció.
A més cada secció té membres corresponents, en un màxim de trenta.
Cada Secció és regida per un consell elegit pels seus membres.
Consell de Govern de la Secció Històrico-Arqueològica
Consell de Govern dela Secció de Ciències Biològiques
Consell de Govern de la Secció de Ciències i Tecnologia
Consell de Govern de la Secció Filològica
Consell de Govern de la Secció de Filosofia i Ciències Socials
Comissions de l’IEC nomenades per la Presidència
Comissió social (creada el 14 d’octubre de 2004)
- SHA: Albert Balcells i González
- SECCB: Mercè Durfort i Coll
- SECCT: Josep Castells i Guardiola
- SF: Josep Moran i Ocerinjauregui
- SFCS: Octavi Fullat i Genís
- Gerent de l’IEC: Ramon Corbella i Bosch
Comissió de publicacions (creada l’11 de novembre de 2003)
- President de la comissió: Joandomènec Ros i Aragonès
- SHA: Josep Massot i Muntaner
- SECCB: Abel Mariné i Font
- SECCT: David Jou i Mirabent
- SF: Josep Gifreu i Pinsach
- SFCS: Josep M. Casasús i Guri
- Representant de les Societats filials de ciències: Lluís Tort i Bardolet
- Representant de les Societats filials d’humanitats: Francesc Nadal i Piqué
- Gerent de l’IEC: Ramon Corbella i Bosch
- Cap del Servei Editorial de l’IEC: Montserrat Torras i Conangla
Consell Supervisor de la Xarxa CRUSCAT
- Presidenta del CS: Marta Prevosti i Monclús, vicepresidenta de l’IEC
- Presidenta de la SF: M. Teresa Cabré i Castellví
- Membre de la SF: Joaquim Torres i Pla
- Membre de la SHA: Tomàs Martínez Romero
- Membre de la SECCB: Lluís Garcia i Sevilla
- Membre de la SECCT: Salvador Alegret i Sanromà
- Membre de la SFCS: Joaquim Arnau Querol
- Secretari del Consell: David Serrat i Congost, secretari científic de l’IEC
Comissió d’Investigació (creada el 30 de juny de 1994)
- President de la Comissió: Joandomènec Ros i Aragonès
- SHA: Jordi Casassas i Ymbert
- SECCB: Jaume Terradas i Serra
- SECCT: Alícia Casals i Gelpí
- SF: Joan A. Argenter i Giralt
- SFCS: Josep Maria Panareda i Clopés
- Secretari de la Comissió: David Serrat i Congost, secretari científic de l’IEC
Delegats del President
- Delegat a Castelló: Vicent Pitarch i Almela
- Delegat a Perpinyà: Martina Camiade Boyer
- Delegat a Lleida: Ramon Sistac i Vicén
- Delegat a Alacant: Vicent Martines Peres
- Delegat per a les activitats de València: Juli Peretó i Magraner
- Delegat per a les activitats de les Illes Balears: Damià Pons i Pons