L’Institut d’Estudis Catalans s’estructura en seccions creades pel Ple i cadascuna és formada per un màxim de vint-i-vuit membres numeraris, pels membres emèrits i pels presidents de les societats filials adscrites a la secció.
A més cada secció té membres corresponents, en un màxim de trenta.
Cada secció és regida per un consell elegit pels seus membres.
Consell de Govern de la Secció Històrico-Arqueològica
Consell de Govern de la Secció de Ciències Biològiques
Consell de Govern de la Secció de Ciències i Tecnologia
Consell de Govern de la Secció Filològica
Consell de Govern de la Secció de Filosofia i Ciències Socials
Comissions de l’IEC nomenades per la Presidència
Comissió de Publicacions (creada l’11 de novembre de 2003)
- Presidenta de la Comissió: Roser Salicrú i Lluch
- SHA: Miquel Molist Montaña
- SECCB: Maria Teresa Estrach i Panella
- SECCT: Ferran Sagarra i Trias
- SF: August Bover Font
- SFCS: Mireia Grau i Creus
- Representant de les societats filials de ciències: Núria Ferrer i Anglada
- Representant de les societats filials d’humanitats: Joan Francesc Fondevila Gascón
- Gerenta de Projectes, Coneixement i Recerca de l’IEC: Eulàlia Espinàs i Riera
- Cap del Servei Editorial de l’IEC: Montserrat Torras i Conangla
Comissió d’Investigació (creada el 30 de juny de 1994)
- Presidenta de la Comissió: Teresa Cabré i Castellví
- SHA: Bonaventura Bassegoda i Hugas
- SECCB: Jaume Bertranpetit i Busquets
- SECCT: Miquel Canals i Artigas
- SF: Lluís Payrató Giménez
- SFCS: Montserrat Castelló i Badia
- Secretari de la Comissió: Jordi Camí Morell